Na Nova Ceasa, a população pode encontrar hortifrútis frescos e nutritivos que são indispensáveis para o fortalecimento do sistema imunológico e ainda fazer suas compras seguindo os protocolos de saúde para prevenção da Covid-19, como o uso obrigatório da máscara e uso de álcool em gel. Para facilitar a vida de clientes e funcionários, a administração do entreposto espalhou diversos totens de higienização em locais estratégicos para sanitização das mãos.
A Nova Ceasa sempre se preocupou com a saúde e segurança de feirantes e público em geral nesta pandemia do novo coronavírus. Em 2021, foi inaugurado no entreposto o Banco de Saúde, que oferece atendimento médico gratuito, atuando como reforço para atenção básica e monitorando sintomas da Covid-19 para permissionários e clientes. O local conta com ambulatório, enfermaria, consultório e recepção, além de profissionais de saúde (médicos, enfermeiros, nutricionistas e psicólogos). Recentemente, o espaço passou por uma reforma e ficou mais amplo, moderno e confortável.
Ainda em 2020, barreiras sanitárias foram instaladas na Nova Ceasa para controlar o acesso de pessoas ao mercado, fornecer orientações, medidas de proteção e identificação de possíveis sintomas da Covid-19, por meio da aferição de temperatura, além de testagem dos permissionários e clientes. A barreira sanitária era realizada, diariamente, das 1h da manhã até as 13h, em parceria com a Secretaria de Estado da Saúde (Sesapi).
Outras medidas sanitárias foram desenvolvidas na central de abastecimento, como a atuação de equipes do Programa Busca Ativa para identificar pessoas infectadas pelo Coronavírus e fazer o diagnóstico precoce e evitar a contaminação da Covid-19. Também foi reforçada a higienização da Nova Ceasa com várias ações de sanitização dos galpões, corredores de acesso, banheiros, praça de alimentação e áreas de circulação.